В ispmanager 5 busines при изменении файла под root меняется владелец файла и его права (в прочем как и на cPanel) для cPanel есть скрипт который исправляет данную ошибку. 
if [ "$#" -lt "1" ];then

echo "Must specify user"

exit;

fi


USER=$@


for user in $USER

do


HOMEDIR=$(egrep "^$user:" /etc/passwd | cut -d: -f6)


if [ ! -f /var/cpanel/users/$user ]; then

echo "$user user file missing, likely an invalid user"


elif [ "$HOMEDIR" == "" ];then

echo "Couldn't determine home directory for $user"

else


echo "Setting ownership for user $user"


chown -R $user:$user $HOMEDIR

chmod 711 $HOMEDIR

chown $user:nobody $HOMEDIR/public_html $HOMEDIR/.htpasswds

chown $user:mail $HOMEDIR/etc $HOMEDIR/etc/*/shadow $HOMEDIR/etc/*/passwd


echo "Setting permissions for user $USER"


find $HOMEDIR -type f -exec chmod 644 {} \; -print

find $HOMEDIR -type d -exec chmod 755 {} \; -print

find $HOMEDIR -type d -name cgi-bin -exec chmod 755 {} \; -print

find $HOMEDIR -type f \( -name "*.pl" -o -name "*.perl" \) -exec chmod 755 {} \; -print

fi

done
Нужен подобный скрипт для ISP
Пример действия: 
после изменения файла запустить /путь/название.sh имя пользователя.