Бюджет примерный. Что необходимо:
1. Перенести хранение реквизитов в сущность "Компания"
Лучше сначала сделать на стенде.
Написать обработку для переноса данных.
Затем удалить поля UF_* которые станут неактуальны.
Проверить все БП, возможно где-то использовались эти поля, заменить на новые.
Проверить шаблоны документов.
2. Формализовать ввод паспортных данных в лиде
Здесь для оптимального хранения данных реквизиты надо хранить в сущности "Контакт" в штатном поле "Реквизиты - тип физическое лицо".

У сущности "Лид" есть возможность связывания с контактом; У сущности "Сделка" аналогично.

Такое изменение структуры данных потребует поменять не только шаблоны документов, но и существующие бизнес процессы (посмотреть весь список, проверить затрагивает ли что-то такое изменение).
И чтобы не потерять данные, нужно из текущих кастомных полей UF_* вытянуть данные в реквизиты.
И только после переноса данных можно будет удалять поля.
По-хорошему надо сделать копию портала для разработки и тестировния, и только потом повторять на боевом, чтобы не прерывать рабочий процесс и случайно не потерять данные.

3. не попадает в документ поле Информация о недостатках товар
https://crm.pravdavasha.ru/crm/deal/details/274/.

4. Не работает поиск сделок по товару

Если в сделке есть товар (из справочника, или индивидуальный), то нужно по его названию находить такие сделки через поиск - сейчас не работает.
И еще наверное сюда же, если искать по реквизитам (ЮЛ, ФЛ) - должны находиться контакты\компании с ними связанные, сейчас тоже не работает.