Суть проблемы в том, что на сайте есть 3 вида товаров: 1. Из 1С в наличие 2. Из 1С под заказ 3. С другого сайта под заказ. Сначала проходит выгрузка из 1С, с ней проблем нет, после нее автоматом запускается выгрузка со стороннего сайта и она редактирует один и тот же товар что и 1С. Получается что в 1С товар есть, но на сайте показывается только товар с того сайта.
Так же эти два вида выгруженных товаров имеют разный внешний код, и у товара который должен показываться с 1С внешний код совпадает, но при этом стоит галочка у параметра "выгрузка со стороннего ресурса".