Правка header fasta

2 500 руб. за проект
14 августа 2023, 13:47 • 11 откликов • 59 просмотров
Нужен скрипт на bash или python 3.1х для построчного присвоения уникальных 6-значных номеров в файле txt по тэгу >NB (например). Номера могут располагаться в порядке возрастания, например начиная с 324567. Не должны начинаться с нуля или большего количества нулей. Со троками между тэгами (буковки AGCT и т.д) ничего делать не нужно.
Пример результата:
>NB324567
GACTACAGGGGTTTCTATCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTATC
GATCCCCGCCTTCGCCACTGGTATTCCTCCACATCTCTACTTCACCGCTA
>NB324568
GCAGTAAGGAATATTGCGCAATGGGCGAAAGCGCAGCGACGCCCGTGGGGGATG
AAGGTCTTCGGATTGTAGGGAAGATGGAATGGGGTAACCCATTCGG
>NB324569
и т.д.
в файле примерно 11 тыс. записей по номерам.

Примечания (можно не читать):
Данные могут быть исправлены "на лету" - sed, echo. sed, как известно, одна из самых сложных и обширных по синтаксису команд bash, не смог разобраться c кодом для этого конкретного случая. В Python эту задачку будет сделать существенно проще (пытался), особенно, глядя на синтаксис sed, но навыков написания нормального кода для таких задач у меня пока что нет, а решить вопрос нужно в течение недели.
Отзывы
Avatar r50 a6ce93fe35b158fd29ba0e8681c918c22117160e9586a56eee4ffbc20df9bda1
Заказчик
Необходимо было выполнить построчную подстановку текста в документе с большим количеством строк (несколько десятков тысяч).
Работа по написанию соответствующего скрипта была выполнена быстро, на выходе прекрасно читаемый код на bash с пояснениями. Программа отработала за 2 секунды примерно, на Linux mint. Исполнитель доходчиво объяснил, как правильно выполнять код.
Цена работы конкурентная и адекватная.
Всем рекомендую данного специалиста и сам, вероятно, буду обращаться за помощью.
Спасибо, Илья!!
9 месяцев назад
R50 601a5bd7a2d3b4185cd99aaaba32f5af
Фрилансер
Быстро разобрались и завершили работу буквально за день. Было приятно работать!
9 месяцев назад