Проверить готовую схему в КiСad (возможен перенос в Altium) перенумеровать все элементы. Контакты идущие от STM32 на разъем J2 исключить завести на этот разъем контакты JTAG от ПЛИС. Увеличить размеры платы по длине до 75мм. Подобрать наминалы сопротивлений R-OPEN и емкостей С-OPEN? указанных в схеме. По новой перетрассировать плату с учетом возможных помех между слоями. Выгрузить гербер готовый к заказу. Дополнительно по возможности необходимо уменьшить количество слоев с 6-ти до 4-х и заменить плис с BGA на 144 QFP. Предоставить доработанные исходники.